被告人林某，某市国有中天股份有限公司经理。2009年该市检察院收到一封检举信，揭露该公司逃税100万元的事实。检察院经调查后，认为该公司确有逃税事实，依法应追究刑事责任，遂经检察长批准对该公司立案侦查。2009年7月2日检察院批准逮捕林某，并派检察院侦查人员将其逮捕。7月8日犯罪嫌疑人林某聘请的律师向检察院提出取保候审的申请，检察院提出需缴纳5万元保证金，并提供保证人。7月9日律师向检察院缴纳了5万元的保证金，并且提供了保证人，林某被取保候审。后经侦査发现，该公司自2007年到2009年间，共逃税50万元，检察院冻结该公司账户，并将50万元作为税款上缴国库。检察院于2010年8月1日向区人民法院提起公诉，经法庭审理，认为该公司的行为已构成逃税罪，判处被告人林某有期徒刑3年，缓刑3年，对该公司判处200万元的罚金。抗诉期满后，该判决生效。
问题：该案中人民检察院有哪些程序不合法？