某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一个约60公顷的城市规划绿地。某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内（现在为耕地）占用3公顷土地建设住宅，补偿费用1000万元。一年后建成多层住宅五栋，建筑面积25000平方米，该科研单位在分房的过程中，有职工向城乡规划行政主管部门举报该单位领导搞违法建设，要求查处。经查后，城乡规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖，违法侵占耕地，同时也未报城乡规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，即强行占地、建设，属于违法建设，且侵占规划绿地，严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人调查。于是根据《城乡规划法》第六十四条规定，对违法建设作出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书。送达后，科研单位不服该行政处罚，向人民法院提起诉讼，经法院审理，判决城乡规划行政主管部门败诉。
【问题】
试分析：败诉的原因是什么？城乡规划主管部门应该如何正确处理此案？